В прошлом, в параллельном мире «Эль Хазард» обитала высокоразвитая цивилизация, войны которой затрагивали даже соседние миры. В итоге эта цивилизация уничтожила сама себя. Однако, после неё сохранилось множество артефактов и в частности, орбитальное орудие «Око Бога». Коренное население Эль Хазарда — люди и разумные жуки, багромы, с ужасом вспоминают древние войны и страшатся артефактов оставленных древними. Тем не менее, империя людей, Роштария, держит под своим контролем Око Бога, как залог мира. Помимо коренного населения в Эль Хазарде обитает народ тени, чьей основной способностью является создание иллюзий. Предки народа тени случайно попали в Эль Хазард из другого мира, во время одной из древних войн. Они возненавидели мир в котором были для всех чужаками и теперь пытаются стравить между собой людей и багромов, в надежде что люди используют Око Бога и уничтожат сами себя.
В это же время, в другом мире, под школой главного героя, Макото Мидзухары обнаруживают древние руины. В них Макото встречает таинственную девушку Ифуриту, которая утверждает что ждала его десять тысяч лет и теперь должна отправить в Эль Хазард. Вместе с ним в другой мир переносятся несколько его одноклассников и учитель. Каждый из них при перемещении получает какую-то суперспособность. Попав в Эль Хазард и услышав описание Ока Бога, Макото понимает что древние оружие может быть использовано и для путешествий между мирами, а значит и может помочь Макото вернуться в свой мир. Что бы вернуться домой, ему и его товарищам приходится присоединиться к Роштарии.